Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий.  Сталкеры и даже экспедиции гибнут или оказываются запертыми на пропавших территориях. На карте Зоны появляются новые места. Изменения известной сталкерам карты Зоны нарушает хрупкий баланс сил. Между группировками разгорается вражда за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Больше нет старых врагов или друзей: каждый сам за себя. Между фракциями началась война. Главный герой - наемник, волей судьбы оказавшийся на самом острие противостояния между фракциями сталкеров, Стрелком и даже самой Зоной. Ему предстоит сыграть основную роль в событиях, которые привели к той точке, с которой начинается оригинальная игра.